Das Hauptziel der FIU besteht darin, eine starke Interessenvertretung für Muslime aufzubauen. Die Organisation wurde mit der klaren Vision gegründet, langfristige Veränderungen herbeizuführen und den muslimischen Gemeinden denselben Status wie den großen Religionsgemeinschaften zu verschaffen. Dieser Status als Körperschaft des öffentlichen Rechts bietet zahlreiche Möglichkeiten, die ein einfacher Verein nicht bieten kann. Die Struktur und Ausrichtung der FIU wurden gezielt darauf ausgerichtet, dieses ehrgeizige Ziel zu verwirklichen - eine Transformation von einem Verein zu einer Körperschaft des öffentlichen Rechts, eine historische Errungenschaft, die bisher noch keinem Verein gelungen ist.